吉林大学公共卫生学院现有3个省部级重点实验室:国家卫生健康委员会放射生物重点实验室、吉林省卫生毒理学重点实验室、分子遗传流行病学重点实验室;有2个共建实验室:人兽共患病研究教育部重点实验室(与校内相关学院共建),医学信息检索与数据挖掘方法研究联合实验室(与万方数据研究院共建);3个中心:吉林大学卫生检测中心、吉林大学人类基因组医学研究中心、医学大数据研究中心(与第一临床医学院联合共建);3个研究所:预防医学研究所、放射医学研究所、卫生毒理学研究所;3个教学实验中心:预防医学教学实验中心、放射医学教学实验中心、医学信息教学实验中心;此外,各教研室下设相应的科研实验室。
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